Leon (Jean Reno) ist ein Auftragskiller, der seine Morde meist im Namen des Mafiosi Tony (Danny Aiello) ausführt. Ansonsten kapselt er sich von der Umwelt völlig ab. Das ändert sich jedoch mit einem Schlag, als in der New Yorker Wohnung nebenan eine komplette Großfamilie von skrupellosen Drogenhändlern regelrecht hingerichtet wird. Nur die zwölfjährige Mathilda (Natalie Portman) kann entkommen und versteckt sich in Leons Wohnung.

Anfänglich hat dieser nur das Ziel, den "Eindringling" möglichst schnell wieder loszuwerden. Als diese allerdings mit Selbstmord droht, beschließt er, sie unter einer Bedingung aufzunehmen: Sie soll ihm lesen und schreiben beibringen. Als Gegenzug will er Matilda das töten beibringen, damit diese sich an Stansfield (Gary Oldman) rächen kann, dem Mann, der für den Mord an ihren Eltern verantwortlich ist. Aber nicht alles läuft nach Plan...